El protagonista es un científico de 27 años llamado Gordon Freeman, especializado en física teórica, quien debe realizar un experimento con una muestra de un mineral desconocido extraterrestre, en el espectrómetro de antimasa del sector C de los laboratorios de Black Mesa. Durante el experimento ocurre una secuencias de resonancias, que abre una ventana de teletransporte para una serie de alienígenas. Muchos rayos se salen de control y uno de ellos golpea a Gordon dejandolo inconsiente. Cuando Gordon despierta y ve que el sector C está destruido, se recompone y mientras va avanzando ve que todo Black Mesa se ha visto afectada. El portal ha traido criaturas extraterrestres de que la mayor parte son hostiles y agresivos. Tampoco intentan comunicarse, simplemente atacan a todos los seres humanos, ocasionando numerosas bajas en el complejo y disminuyendo las oportunidades de los supervivientes para huir.